Miniconda安装与使用

0. 概述

    Miniconda是一款免费的conda最小安装程序，仅包含conda、Python以及二者所依赖的包等。Miniconda通过管理工具包，开发环境，python版本，大大简化了工作流程。不仅可以方便安装，更新，卸载工具包，而且安装时能自动安装相应的依赖包。在集群上利用Miniconda环境可以简易化软件的安装及编译。
    此文简要介绍Miniconda在Centos 7.4系统的安装以及基本的用途。

1. Miniconda3安装

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh  ##使用清华源的镜像下载，速度较快
sh Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh  

如果未指定安装目录Miniconda会默认安装在Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh所在目录下。

source ~/.bashrc  
conda -V  ##Miniconda在安装过程中会自动修改.bashrc将Miniconda的bin加入至环境变量,source后便可使用。

2. Miniconda3使用

2.1 基础命令

2.1.1 创建虚拟环境

conda create -n test python=3.8.3  ##创建名字为test，python版本为3.8.3的环境

安装虚拟环境时提示是否安装一些其他工具，输入y即可。

2.1.2 启动虚拟环境

conda activate test  ##启动test虚拟环境

2.1.3 退出虚拟环境

conda deactivate

2.1.4 安装所需包

conda install xxx
或者使用
pip install xxx

在安装时可能会提示安装依赖包，输入y即可。

2.1.5 删除虚拟环境

conda env remove -test ##删除test虚拟环境
虚拟环境对系统没有影响，也可以直接将其目录删除。
cd /home/app/miniconda3/envs
rm -rf test

2.2 配置国内镜像源

在下载某些包时使用miniconda3自带的源时可能出现下载速度较慢，使用国内的镜像源下载速度较快（此处添加的为清华源）。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

2.3 应用实例

使用conda环境编译Gromacs2020.5_GPU版本。